El programa doctoral en matemáticas aplicadas busca aprovechar  todo potencial del CIMAT para ofrecer  un doctorado en Matemáticas Aplicadas de alto nivel. El programa es  interdisciplinario y se nutre de las cuatro áreas de centro: matemáticas aplicadas, matemáticas básicas, probabilidad y estadística y ciencia de la computación, formando puentes entre ellas, para resolver problemas complejos.