La Maestría en Matemáticas Aplicadas del CIMAT ofrece a los estudiantes un programa atractivo que incluye cursos de las tres áreas que conforman y se han cultivado exitosamente en el Centro: a) Matemáticas, b) Ciencias de la computación y c) Probabilidad y estadística.  En 2020 el programa de estudio de esta maestría se actualizó, modernizó y fortaleció, tras revisarlo a profundidad, para aprovechar mejor todo el potencial del CIMAT en sus tres áreas de experiencia mencionadas y darle un sello de interdisciplinariedad. Así, la versión actual de esta maestría se consolida como una de las mejores opciones de posgrado en Matemáticas Aplicadas de México, debido a la formación integral y balanceada que proporciona a sus egresados. La Maestría en Matemáticas Aplicadas del CIMAT es presencial y de tiempo completo. 

El estudiante adquirirá una formación amplia en modelación matemática y estocástica, profundizando su conocimiento de programación, métodos numéricos, estocásticos y estadísticos. Dentro del programa el estudiante tiene la posibilidad de elegir materias optativas de opciones variadas. Algunos ejemplos son: Ciencia de datos, Ecuaciones diferenciales y aplicaciones, Problemas inversos y cuantificación de incertidumbre, Modelación Matemática en Biología.